安徽境内铁路北片(长江以北)基本上分属铁道部上海铁路局蚌埠铁路分局和铁道部济南铁路局徐州铁路分局管辖;南片(长江以南)主要由铁道部上海铁路局南京铁路分局管辖(现派驻芜湖铁路办事处主管协调皖境铁路各站、段工作)。新建的宣杭线实行临管运输，由铁道部第四工程局新运处管辖;省内第一条地方铁路漯阜线皖境路段由阜阳地方铁路局管辖，受盛地政府双重领导。

中央铁路企业的体制：铁路运输分国家经营和地方经营。国家铁路运输企业是中央直属企业，实行由铁道部垂直领导，同时接受地方政府的领导。

蚌埠铁路分局管辖区全部在安徽省境内，分局正、副分局长由铁道部上海铁路局任命。局机关内设分局办公室、总工程师室、企业管理办公室、安全监察室、运输科、客运科、装卸管理科、机务科、车辆科、工务科、电务科、房产地亩科、外经办公室、计划统计科、财务科、劳动工资科、电子计算所等38个科室，并设有机关党群部门、公检法系统及中国人民解放军军事代表驻分局办事处。分局在合肥、淮南、青龙山、阜阳等地区设立派驻办事处，协调该地区各站、段(所)之间的工作。中层干部由分局直接任命。

南京铁路分局管辖区对安徽境内各铁路站、段、所的管理，除马鞍山、铜陵站外，其余均由南京铁路分局派驻的芜湖铁路办事处负责协调;办事处正、副主任，由南京铁路分局直接任命;办事处内设业务、财务、劳资等办公室。

地方铁路企业的体制：地方铁路运输企业属地方政府管理。安徽省境内地方铁路漯阜线由阜阳地方铁路局管辖，受盛地政府双重领导。正、副局长由阜阳行署任命，内部设局办公室、运输科、人事科、计财科、综合技术室、机务科、材料科、公安科等13个科室，中层干部由局长任命。现有职工710人，拥有固定资产1.1亿元，有蒸汽机车7台，50节车辆，1台轨道车，其它机械设备10台。计划开通8个站，现已开通阜阳站、太和站、界首站等4个站。